Forma parte de la cuenca del Río Grande. Por la geografía montañosa, existen diversos microclimas, y por ello, en una franja de 20 kilómetros puede hallarse lluvia y sol en el mismo momento. Mas en general, posee un clima seco, más bien fresco, es decir, clima desértico. Presenta una gran frecuencia de días claros y despejados, y pocos días con lluvias dentro de los meses estivales.

Las temperaturas máximas medias son de 19 °C y 23 °C a lo largo de los meses del año. Las noches se presentan generalmente frías en época de lluvias, y muy frías en el período seco. En esta última época llegan a valores inferiores a los 0 °C. En Huacalera, al sur de Humahuaca, en las cercanías de la línea que supone el trópico de Capricornio, un monumento alegórico apunta al Cenit.

Vestimenta y accesorios
Es recomendable llevar ropa de abrigo durante todo el año, especialmente para la noche.
Sombreros, protector solar y cremas para hidratar la piel son aconsejables. En invierno, traer ropa de abrigo, guantes, bufandas y preferentemente camperas de telas impermeables para no dejar pasar el viento helado. De todos modos, en muy pocas ocasiones el frío es muy intenso, y hay muchos días soleados y templados.